Громоздкий (для пользователей PC) интерфейс — следствие мультиплатформенности игры.
Измененная система экипировки. Большинство видов одежды трансформируется в соответствии с полом NPC, будучи надетыми (штаны/юбка, камзол/платье); невозможно одновременно надеть одежду и броню одного рода (рубашку и кирасу, штаны/юбку и поножи); появилась броня, надевающаяся сразу полным комплектом (исключая шлем и щит), одежда на два слота (платье/камзол и мантии), убрана такая деталь одежды как тканые перчатки (остались только защитные).
Более 1000 персонажей, с уникальными лицами и сильно улучшенным (получившим название Radiant AI) AI по сравнению с Morrowind.
Убрана возможность левитации и транспортная система, взамен вернули систему быстрого перемещения (Fast Travel) и лошадей.
Добавлена система «компас»: маркер, указывающий на требуемые для продолжения того или иного квеста локации и NPC.
Коренным образом изменена физика (теперь используются технологии Havok): появилась возможность передвигать предметы в реальном времени, выпущенные из лука стрелы теперь сохраняются, и т. п., однако она несколько неотлаженная — все предметы, находящиеся не в инвентаре, слишком легкие, вне зависимости от прописанного веса. В связи с этим очень сложно располагать предметы в нужном игроку порядке, так как расположение это нарушается от любого неверного «движения» игрока.
Непродуманный баланс игры, заставляющий игрока стремиться не получать новый уровень, почти полная «левельность» (соответствие уровню героя) монстров, враждебных NPC, большинства предметов и обмундирования NPC, слишком быстрый «респаун» (восстановление на зачищенной территории) враждебно настроенных персонажей, и другие недоработки баланса.
Все еще отсутствует необходимость есть и спать (однако по-прежнему сон необходим для поднятия уровня — в связи с неотлаженностью баланса это стало одной из «программных дыр»), но открытый огонь теперь обжигает игрока, в отличие от Morrowind.
Измененная боевая и магическая система.
Заклинания стало возможно применять, не убирая оружия; мана восстанавливается в реальном времени, шанс удачно скастовать заклинание, зачаровать предмет или сварить зелье теперь всегда составляет 100 % (если хватает навыков персонажа).
Изменена система алхимии (в частности, убрана возможность «бешеной алхимии», являющейся одной из «программных дыр» предыдущей игры серии).
Изменена система зачарования, например, теперь невозможно зачаровать предмет на многократное использование, только на постоянное зачарование или на зачарование «при ударе» — оружие; убран соответствующий навык главного героя — теперь зачарование происходит на специальных алтарях в Университете Волшебства (то же самое и с созданием заклинаний); добавлена возможность использовать для зачарования души не только монстров, но и NPC — специальные «черные камни душ».
Количество навыков было уменьшено, но введена система бонусов за уровни.
В боевых навыках: сокращен арсенал — полностью убрано метательное оружие («метательные звездочки», дротики, метательные ножи), арбалеты, копья и древковое оружие. Класс рубящего оружия (топоры) включен в дробящее оружие, объединено все клинковое оружие (мечи и кинжалы стали единым навыком), посохи же потеряли функцию дробящего оружия (ими можно только парировать удары и кастовать заклинания).
В защитных навыках: появилась возможность активного парирования ударов противника, но убран класс средних доспехов и навык бездоспешного боя, отсутствует такая деталь обмундирования, как наплечники, нельзя надеть на руки разные перчатки.